在采集病史后，醫生就要進入下一步工作——體檢了，病史多半是反映了病人對自己狀況的主觀看法（也包括很多客觀事實），而體檢則是醫生客觀地搜集有關不育癥的信息和體征。
一、一般發育狀況
身高是否超過兩上肢平展后指尖距，上下半身比例是否失調，體型是否異常（瘦長，矮壯，女性體態，肥胖，腦心性肥胖），這些體征多反映出內分泌或代謝狀態是否有問題。
營養、肌肉（堅實，萎軟）和皮膚狀況（如痤瘡，白斑，發脂多，皮膚紫織）；貧血、浮腫、色素沉著（部位與程度）；聲調改變如何；毛發狀況（陰毛、腑毛、體毛和胡須等濃密、缺如，陰毛直或彎曲、正常與否），發際是否過低；喉結發達或不明顯；乳房有無女性化，乳頭有無分泌物。這些第二性征的發育狀況，可間接地反映出性腺功能或雄激素水平。
二、生殖系統的發育狀況
陰莖長度、周徑，動起后長度（可用牽拉長度替代）、周徑、有無彎曲；外明表現：有無硬結、先天畸形（尿道上裂，尿道下裂，尿道口狹窄），有無瘢痕、包莖、包皮過長、陰莖腫物，有無潰爛、觸痛、炎癥、海綿體觸痛。
前列腺和精囊檢查包括：質地、體積、結節、囊腫、硬結或索條、觸痛、壓痛、中央溝消失或變淺。陰囊檢查：透光試驗、斜疝、象皮腫、溫度、脂肪堆積、睪丸旁硬結、炎癥、層管。陰囊腫物的硬度、囊狀感、是否光滑、是否與周圍組織粘連，平臥后是否消失、腫物來源。
三、頭頸部
感官系統包括：色盲、色弱、視野、眼底、嗅覺減弱或缺失、眼球凸出。
頭面部包括：中線畸形（如唇裂和跨裂）、禿頂、粘液水腫、肢端肥大癥表現、酒渣鼻、甲狀腺（給節與腫脹）、頸蹼。
四、其他部位
血壓，脈搏，心律齊否，心臟有無雜音，肺部聽診有無陽性發現。
腹部、會陰部有無手術疲痕、腹部腫物、腹股溝淋巴結腫大、潰瘍或疝。
骨骼：包括四肢長骨，掌、趾骨。
