漢唐年間，氣功在醫務界頗為盛行。當時的名醫如華佗、葛洪、陶弘景、巢元方、孫思邈等都是精于氣功的大師。他們在氣功健身的實踐和文獻的整理上都有重大的貢獻。
宋、遼、金、元四朝，戰爭頻繁，社會動蕩，百病叢生，急需解決疾病的治療是當時醫學界面臨的最迫切問題。所以，氣功雖已不象漢唐時期那么盛行，但并沒有被排斥在醫界正宗之外。金元時期醫學界四大名醫之一、寒涼派代表人劉完素在他的《素問病機氣宜保命集》中就有氣功養生的記載：“吹噓呼吸，吐故吶新……此皆修真之要也”。金元四大家之一的李東垣也認為：“夜半收心靜坐少時，此生發周身血氣之大要也”。他還主張“安于淡泊，少思寡顧。省語以養氣，不妄作勞以養形，虛心以維神”。另外，攻下派的張子和也將導引吐吶列為治病方法之一。
明至清末，氣功在醫學界更受重視，氣功養生的著述也較多。明代名醫張景岳在《類經》一書里，對氣功有正確的評價，并且涉及了氣功和藥物的長短所在。他說：“……雖軒歧之教，初未嘗廢恬淡虛無，呼吸精氣之說，然而緩急之宜，各有所用，若于無事之時，因其固有而存之養之，亦是為卻病延年之助，此修養之道，而能及其妙者，固不可不知也。至于疾病既成，營衛既亂，欲舍醫藥，而望其可除，無可復，則無是理也”。對氣功的具體做法，張氏認為“其下乎功夫惟《蔣氏調氣篇》、《蘇氏養生訣》、《李真人長生十六訣》皆得其法，足為入門之階。”
宋代的《圣濟總錄》載有“以意氣攻病法”，曰：“其有宿患，但用意并氣，法之患處，不過三五日，必愈。若四肢有患，亦可想氣以攻之，其病隨散。”這種療法，清代醫家稱為“運氣法”。清代名醫張志聰對“運氣法”深有體驗，他曾用此法攻除自身的癰毒。
此外，明清醫家如李士材、龔廷賢、龔居中、李時珍、沈金螯等對氣功療法均有論述，不勝枚舉。
