藥膳具有保健養生、治病防病等多方面的作用，在應用時應遵循一定的原則。藥物是祛病救疾的，見效快，重在治病;藥膳多用以養身防病，見效慢，重在養與防。藥膳在保健、養生、康復中有很重要的地位，但藥膳不能代替藥物療法。各有所長，各有不足，應視具體人與病情而選定合適之法，不可濫用。
1.因證用膳：中醫講辨證施治，藥膳的應用也應在辨證的基礎上選料配伍，如血虛的病人多選用補血的食物大棗、花生，陰虛的病人多使用枸杞子、百合、麥冬等。只有因證用料，才能發揮藥膳的保健作用。
2.因時而異：中醫認為，人與日月相應，人的臟腑氣血的運行，和自然界的氣候變化密切相關。“用寒遠寒，用熱遠熱”，意思是說在采用性質寒涼的藥物時，應避開寒冷的冬天，而采用性質溫熱的藥物時，應避開炎熱的夏天。這一觀點同樣適用于藥膳。
3.因人用膳：人的體質年齡不同，用藥膳時也應有所差異，小兒體質嬌嫩，選擇原料不宜大寒大熱，老人多肝腎不足，用藥不宜溫燥，孕婦恐動胎氣，不宜用活血滑利之品。這都是在藥膳中應注意的。
4.因地而異：不同的地區，氣候條件、生活習慣有一定差異，人體生理活動和病理變化亦有不同，有的地處潮濕，飲食多溫燥辛辣，有的地處寒冷，飲食多熱而滋膩，而南方的廣東飲食則多清涼甘淡，在應用藥膳選料時也是同樣的道理。
