須知有40％的非淋菌性尿道炎患者是沒有任何癥狀。所以不但患者本身要治療，其性伴侶也應接受預防性的藥物治療。
1)治療期間不許飲酒。
2)當完成一個療程后應進行隨訪。
3)患者是否按時、按量治療。因為非淋菌性尿道炎的治療不同于淋病能做到短期足量治療，而且服藥次數多，持續時間長，患者容易因公因事而忘記服藥，或者1~2天后基本消失而停服，影響療效或復發。此時不要急于改換藥物。
4)由于目前有多達45%的淋病患者在感染淋球菌的同時也感染衣原體和支原體，因此，在治療淋病時，可采取同時治療非淋菌性尿道炎聯合方案。
5)性伴侶如有感染應同時治療。經治療，病人的癥狀持續存在，或癥狀消失后又復發，最可能的原因是性伴侶未經治療。未經治愈與性伴侶性交，病菌由未經治療的性伴侶再次傳給患者。須知有40％的非淋菌性尿道炎患者是沒有任何癥狀。所以不但患者本身要治療，其性伴侶也應接受預防性的藥物治療。方法與患者相同，如為孕婦，可用紅霉素或阿莫西林治療。
6)對于已經多所醫院治療而未愈的患者。要詳細了解病情和療程，若按正規療法而無好轉或無效者，應改換另一種方法，甚至聯合治療。聯合治療時一般不要用同類抗生素。
7)若證實為沙眼衣原體尿道炎患者，再次治療時把療程延長到4—6周可效。
8)已有不少報告分解尿素支原體對四環素有耐藥性，若疑屬于這種情況，則及時用其他抗生素。
9)如果患者反復發作，應警惕并發癥，如前列腺炎等，應做相應的細菌學查，并及時治療。
10)有條件的醫療單位，應對每一患者尤其是復發者做詳細的臨床和細菌查，并進行針對性的治療，這樣才能徹底治愈。
11)臨床表現與非淋菌性尿道炎的癥狀不相符合，且化驗沒有查出病原體，考慮是否為神經過敏癥，此時要解釋、安慰并使用鎮靜藥物，經臨床應用博樂欣效果較好。
12)若為滴蟲、霉菌或其他少見病，尤其是霉菌性尿道炎，不能一味加用素，否則對患者危害更大，應查清后對癥治療。
13)非淋菌性尿道炎治療時不應濫用抗生素，如絕大多數青霉素藥物對衣原體、支原體均無效，一般不應使用。磺胺對衣原體有效而對支原體均無效，鏈霉素大觀霉素對衣原體無效對支原體有效，慶大霉素、新霉素、多粘菌素對衣原體無效。
