疼痛往往是某些疾病、外傷的突出表現。機體出現問題或受到傷害時，常用疼痛來引起你的注意或向你提出警告。
陰莖疼痛也是如此，不管是陰莖表面的疼痛還是內里的疼痛都不是什么好玩的事，它往往是一些疾病的征兆，而且疼痛的嚴重程度與病情輕重并沒有對應的關系，所以疼痛不論輕重都足以引起你的注意。有些男士僅僅因為害羞，不到痛的難以忍受不會上醫院，結果使病情延誤。
造成陰莖疼痛的主要原因是各種外傷和病菌感染。
★ 外傷：雖然陰莖地處隱蔽，而且平時體積也比較小，但還是有可能出現外傷的。最常見的是騎跨在硬物上，將陰莖撞傷。陰莖表皮的損傷主要是被蟲咬傷。極少數的男士因為性生活中動作過于猛烈或突然改變方向，使得陰莖折斷。
★ 皰疹病毒感染：一些病毒侵犯陰莖后，常會引起疼痛，常見的有生殖器皰疹。感染后，陰莖會有灼燒、發癢、疼痛的現象。
★ 前列腺炎：前列腺發炎常常會引起陰莖的疼痛。
★ 非淋病性尿道炎：非淋病性尿道炎是由解脲脲原體和沙眼衣原體以及毛滴蟲等引起的尿道感染，主要通過性行為進行傳播。患者除了發現尿道有膿性分泌物外，還有小便時疼痛，陰莖周圍灼熱、疼痛、發癢等。
★ 陰莖癌：要辨認陰莖癌并不困難，從器官的表面就能看到病變的組織。除非是受到感染，否則陰莖癌通常都不會引起疼痛，治療這個病的方法是實行外科手術。
★ 異常勃起：有時勃起竟會引起陰莖疼痛。勃起陰莖的動脈里形成血凝塊時，就會阻止血液從陰莖流出，使得陰莖勃起的時間遠遠超過正常，形成劇烈的疼痛。
★ 佩羅尼病：又叫陰莖彎曲，是由于陰莖里形成疤痕組織而引起的一種漸進性疾病。有病的組織在陰莖上形成斑塊。當陰莖勃起時，斑塊使得陰莖彎曲并疼痛。有時斑塊會自己消失，有時必須通過手術進行校正。
