抗生素可以治療各種病原菌，療效可靠，使用安全。但由于個體差異以及長期大劑量地使用等問題，也可引起了各種不良反應。
過敏反應：由于個體差異，任何藥物均可引起過敏反應，只是程度上的不同。易引起過敏反應或過敏性休克的藥物主要有青霉素類、頭抱菌素類、氨基糖類、四環素類、氯霉素、潔霉素。磺胺類等抗生素。
肝損害：通過直接損害或過敏機制導致肝細胞損害或膽汁郁滯的藥物主要有四環素、氯霉素、無味紅霉素、林可霉素等。
腎損害：大多數抗生素均以原形或代謝物經腎臟排泄，故腎臟最容易受其損害。主要有氨基貳類（慶大毒素等）、磺胺類、頭孢菌素類（尤其是第一代）、多粘菌素B、二性霉素B等。
白細胞、紅細胞、血小板減少，甚至再生障礙性貧血、溶血性貧血：主要見于氯霉素、抗腫瘤抗生素（阿霉素等）、鏈霉素、慶大霉素、四環素、青霉素、頭孢菌素等。
惡心、嘔吐、腹脹、腹瀉和便秘等消化道反應：較多見于四環素、紅霉素、林可霉素、氯霉素、制霉菌素、灰黃霉素、新霉素、頭孢氨苯等。
神經系統損害：可表現為頭痛、失眠、抑郁、耳鳴、耳聾、頭暈以及多發性神經炎，甚至神經肌肉傳導阻滯。多見于氨基威類抗生素，如鏈霉素、卡那霉素等，以及新霉素，多粘菌素B等。
二重感染：長期或大劑量使用廣譜抗生素，由于體內敏感細菌被抑制，而未被抑制的細菌以及真菌即趁機大量繁殖，引起菌群失調而致病，以老年人、幼兒、體弱及合并應用免疫抑制劑的患者為多見。以白色念珠菌、耐藥金黃色葡萄球菌引起的口腔、呼吸道感染以及敗血癥最為常見。
產生耐藥：目前國內金黃色葡萄球菌對青霉素G耐藥率可達80％～90％，傷寒桿菌對氯霉素耐藥可達90％以上，革蘭氏陰性桿菌對鏈霉素、慶大霉素耐藥率達75％以上。因此，應嚴格掌握抗生素的適應癥，避免不合理濫用抗生素。
