目前，治療乙肝尚存在許多不合理的用藥情況，大約20％～30％乙肝患者病情加重與不合理用藥有關。不少病人因為誤治、亂治以及“自治”導致病情加重。因此，乙肝用藥需要掌握“四項原則”：
講究安全性
治療乙肝用藥首先要強調安全性，乙肝患者病情易變化，療程漫長，單一用藥難以達到治療目的，現多采用聯合治療，用藥安全是首要的。多年以前曾經使用的多種肝炎用藥，后來被證實是不安全的，例如阿糖腺苷、膦甲酸等，都有可能引起腎功能損害。目前使用的干擾素、拉米夫定等，同樣存在嚴重的安全隱患，如果使用不當，選擇不當或擅自停藥都可能導致病情加重。
中藥也同樣存在著不安全因素。有些中草藥和中藥制劑被證實具有明顯的肝損作用，例如中草藥蒼耳子、貫眾、雷公藤、天花粉、肉豆蔻、薄荷、川楝子等；中成藥有小柴胡湯、復方青黛丸、消核片、克銀丸等。因此，要避免濫用和超期、超量服用，對于民間驗方、偏方一定要慎用，以防中毒。有藥物過敏史或屬過敏體質的患者，一旦出現藥物性肝損害，一定要終止該藥物使用，及時前往正規醫院診療。
追求有效性
現在不少乙肝老藥，例如口服的泛昔洛韋、無環鳥苷等已被證實為無效，現已逐漸淘汰。目前作為治療乙肝的主打藥物——抗乙肝病毒藥物，公認的只有干擾素、拉米夫定等幾種，其他標榜具有抗乙肝病毒性質的藥物，目前尚未得到一致認可。
另外，成百上千種所謂“保肝藥物”，只有一部分具有改善肝功、減輕肝臟炎癥反應的作用。所以患者用藥，必須認真選擇，千萬不能草率魯莽，萬不可輕信廣告和其它各種宣傳。
提倡經濟性
治療乙肝花費大、藥物貴是眾所周知的，乙肝患者病情反復無常，用藥不斷，不少患者因病致貧。因此乙肝患者用藥一定要精打細算，少花冤枉錢。例如具有保肝降酶功能的藥物非常多，選擇用藥時，一定要考慮到經濟承受能力，貨比三家，選擇價廉物美的藥物，如甘利欣注射液。
許多新藥遠期療效未定，加上價格十分昂貴，不宜作為一線藥物推薦試用。例如阿德福韋，國家藥監局尚未正式批準該藥進口上市，不少患者聽說這種藥物療效好，可以替代拉米夫定，于是耐不住性子，四處打探求藥。有的還從海外自行購藥試用，耗資巨大，但是缺乏指導，對于用藥的注意事項、劑量、療程等一概不知，用藥后期的不良反應難以預測。
掌握適當性
合理用藥適當性原則主要體現在以下幾個方面：適當的藥物根據疾病與患者機體條件，權衡多種因素利弊，選擇同類藥物中最為適當的藥物。例如早期肝硬化患者，選擇抗病毒聯合抗肝纖維化藥物同時使用，療效最好。
適當的劑量干擾素治療乙肝非常普遍，劑量的把握十分講究。如果劑量太小，難以奏效；如果劑量太大，藥物毒作用過強，患者身體難以承受。一般認為中國人的合適劑量為500萬～600萬單位／隔日1次使用。適當的時間例如長效干擾素每周使用1次，可以確保一周內患者血液中藥物濃度基本保持在有效范圍內，可以給患者減少痛苦和麻煩。
適當給藥途徑必須綜合考慮用藥目的、藥物性質、病人身體狀況以及安全經濟、簡便等因素。口服給藥既便利，又經濟，而且病人少受痛苦，相反靜脈滴注不提倡輕易采用。
適當的病人治療乙肝強調個體化、因人施治的原則，譬如干擾素的治療對象，一定要求病情處于轉氨酶升高、乙肝病毒復制指標陽性的患者；重度或重型的乙肝患者不宜使用干擾素治療。
適當的療程按照治療學原則，規定藥物治療的周期。抗乙肝病毒治療和抗肝纖維化治療都是需要長期堅持不懈的，療效明顯時，不能擅自停藥，必要時延長治療，以獲得穩定持久的療效。例如用拉米夫定和干擾素治療乙肝，療程需要在1年以上。
但有些藥物卻不宜長期使用，要避免延長給藥時間，減少蓄積中毒、病毒耐藥性、藥物依賴性等不良反應的出現。例如乙肝患者一旦感冒發燒，消炎藥物使用一定要采取“短平快”原則，做到病除藥止。
