11月3日18時50分，慶陽市慶城縣慶城中學九年級14班學生包冬雪(女、14歲、浙江人、父母系慶城個體戶)向跟班老師李林反映，自己身體不適，并出現惡心、嘔吐癥狀。同時，該班學生許晶(女、15歲、慶城縣玄馬填人)也出規類似癥狀，學校老師于19時05分將這兩名學生送往慶城縣人民醫院救治。當日19時分左右，2人經醫院搶救無效死亡。截至11月4日晚7時，累計篩查322人，共留院觀察治療學生41人，已經治愈出院13人，還有28名學生正在留院觀察。
據介紹，事件發生后，慶陽市縣兩級高度重視。在上海學習的慶陽市委書記張智全明確指示：
第一，抓緊救治中毒學生，確保救治效果。
第二，妥善處理死亡人員后事，死者死因一定要作權威鑒定。
第三，舉一反三，全面檢查食品特別是學校食品安全，杜絕事故。
慶陽市市長周強就該事件處置提出四點要求：
一是全力做好救治工作。
二是嚴密控制事發現場。
三是盡快查明事故原因。
四是加強組織領導。
慶陽市委常委、常務副市長李銀，市委常委、宣傳部長董建鎮及時詢問并指導開展工作。慶陽市政府副市長劉秉寧受市委、市政府委托帶領市政府辦、市衛生局、市教育局、市公安局、市疾控中心等部門負責同志第一時間趕赴慶城縣，看望留院觀察的學生，慰問死亡學生家長，現場指揮救治、排查和善后工作，成立由市縣兩級組成的醫療救治、事故調查、善后處理三個工作組，通宵開展工作。并于 11月4日1時40分報告省政府。
省政府高度重視，副省長咸輝、郝遠先后做出重要批示。咸輝副省長要求，省衛生廳即刻組織疾控人員赴慶陽市，指導市、縣兩級全面排查中毒學生，密切監測病情進展，全力救治每一位中毒學生。并要求慶陽市組織有關部門調查事故原因，及時、有效、妥善的處理好善后工作。郝遠副省長要求，慶陽市抓緊對出現不適癥狀的學生排查救治，并進行心理疏導；做好善后工作，穩定教學秩序；加大偵查力度，查清事故原因和責任人，并依法依紀嚴肅處理；要痛定思痛，切實總結教訓，將校園安會尤其是食品安全抓在手中，落到實處；建立學校安全聯席會議制度，近期開展一次全市范圍內的校園安全管理大檢查，將整改結果報省政府。
慶陽市、縣兩級政府認其貫徹落實省政府領導的批示，采取有力措施，妥善處置該中毒事件。
一是全力救治，留院觀察。對所有疑似病癥的學生全部組織體檢，發現有癥狀學生立即安排留院觀察治療。市、縣兩級醫療機構抽調精兵強將，盡全力救治。截至11月4日晚7時，累計篩查322人，共留院觀察治療學生41人，已經治愈出院13人，還有28名學生正在留院觀察，目前病情穩定。
二是抓緊調查事故原因。由市公安局牽頭，市衛生局和慶城縣相關部門配合，立即封鎖學校食堂，控制相關人員，對慶城中學部分區域實施戒嚴，對知情人及住院救治的29名學生制作談話筆錄。會同食品監督、衛生防疫等部門對學生食物原料中的可疑物全部予以提取并連夜送檢。在征得死者家長同意的前提下，對兩名死亡學生許晶、包冬雪尸體解剖檢驗，提取檢材已連夜送檢。
三是認其做好善后工作。副市長劉秉寧帶領有關部門負責人及時慰問死亡學生家長，探望正在留院觀察的學生，安排相關部門做好耐心細致的疏導和精神扶慰，穩定學生家長情緒。同時加強學校管理，保證正常教學秩序。目前，學生家長情緒基本穩定。學校教育教學秩序正常。
四是開展學校周邊環境及食品衛生安全集中整治緊急行動。11月4日上午10時，慶陽市委、市政府在慶城縣緊急召開全市集中整治學校周邊環境及食品衛生安全工作緊急會議，八縣區分管副縣(區)長、教育局局長和市公安局、市教育局、市衛生局、市文化局、市藥監局、市質監局、市工商局、市環保局等部門主要負責人參加會議。會議成立了由副市長劉秉寧任組長，市長助理、市公安局局長董建武，市政府副秘書長、應急辦主任李永洲，市教育局局長盧化棟任副組長，市衛生局、市文化局、市藥監局、市質檢局、市工商局、市環保局、市建設局等部門主要負責人為成員的慶陽市整治學校周邊環境及食品衛生安全工作領導小組，辦公室設在市教育局，局長兼任辦公室主任。會議要求在11月份全市開展集中整治，完善監管措施，建立長效機制，從源頭上治理和防范不安全事故的發生。隨后，慶陽市政府立即印發《關于開展學校周邊環境及食品衛生安全集中整治行動的緊急通知》，慶陽市教育局正在抓緊討論制定維護學校周邊環境及食品衛生安全長效機制的意見。
目前，事故原因正在調查之中。
