難題：免疫力下降增加癌癥幾率
范志宏指出，如果手術后幾天甚至一兩個月內出現急性排斥反應，用藥物可以達到很好的控制，但如果是慢性排斥反應，藥物不能非常有效控制，最嚴重的后果是可能會導致皮膚組織壞死、脫落，必須終身服用免疫藥物。
另外，由于是異體移植，因此機體免疫力和抗感染能力都會下降，會誘發腫瘤，增加癌癥幾率。
難題：面部表情和功能難恢復
相對來說，異體臉的存活比較容易做到，但是面部表情的恢復和功能重建比較困難。
從頭發到耳朵及下頜完整移植到受贈者臉上，兩張臉的血管和神經要對應接通，功能也要接通，否則受贈者的新臉無法保持正常人的臉部形態。“最壞的結果就是面容像面具一樣�！狈吨竞暾J為，從靜態的移植到動態的表情恢復，需要半年甚至一年，最難恢復的是嘴巴上的皮膚。
難題：換臉者和家屬需心理疏導
“換臉手術不是一般的美容手術，接受換臉的患者還要有相當健康的心理素質�！钡诰湃嗣襻t院整形外科教授李青峰指出，臉是人相互認識的基礎，需要一定時間才能適應。突然換一張新臉，換臉者沒有良好的心理素質很難承受。
因此，必須對換臉者進行干預、治療、支持等一系列的心理幫助。同時，術后對患者周圍的人，尤其是親人進行心理疏導也很必要的，因為他們的心理也需要接受新臉的轉變。
難題：受者是對捐者的不尊重
上海專家經過三維模型研究后發現，換臉后，術后外貌將會融合換臉者和捐贈者兩個人的外貌。于是，有人提出，盡管臉架子是沿用換臉者的原型，但實際面部畢竟使用了捐贈者的臉，這是對死者的不尊重。
李青峰介紹，前不久上海部分市民曾參與了調查，64％的市民認同換臉，但是有18％的市民反對，他們認為臉畢竟是社會的識別標志，不能隨便更換。同時，醫生的倫理問題也值得關注，醫生做換臉手術究竟是出于新奇還是醫學技術充分成熟后所做的選擇仍不得而知。
難題：手術費用最高達200萬元
李青峰估計，換臉費用會根據病人表情肌肉缺損程度有所浮動，一般在5萬至200萬元不等。如果毀容者的表情缺損非常厲害，費用就需200萬元。這對于一個普通的毀容者來說，難以承受。因此，僅有醫學專家的研究還顯得勢單力薄，需要全社會愛心人士的援助，加入拯救換臉的隊伍中來。目前，上海專家打算在成立相關基金后，再進行換臉手術。
難題：罪犯換臉鉆法律空子
范志宏透露，假使有捐臉人捐獻臉，也必須要過一套獨特的審批系統。主刀醫生要向上級申請，通過行政部門審批，然后再經過醫學倫理協會、法律委員會、衛生部門等一系列相關部門的審核才可以。
另外，換臉手術后犯罪分子乘機鉆空子等問題也將隨之出現，如果利用換臉進行犯罪，其性質是和目前國內已出現的為逃避法律制裁而整容的行為一致，屬有意逃避法律制裁。目前國內尚無法律對這種手術進行管理或約束。
